一般社団法人学術著作権協会（学著協）の施策決定は、理事会、社員総会の議決によってなされております。施策の実行は学協会、出版社等から選出された委員によって構成されている運営専門委員会によってなされております。その実務は、事務局（事務局長）によって運営されております。学著協の著作権管理事業における業務の全ては、理事会、社員総会に報告され、承認を受けると共に、学著協監事、外部監査法人による監査を受けるなど、適正に運用されております。
学著協の著作権等管理事業におけるこれら業務の全ては、著作権等管理事業法の規程に基づき、文化庁へ報告されます。更に、著作権等管理事業の規程に基づく文化庁の著作権等管理事業者実地監査を受けております。
現在社員は、日本工学会、日本歯科医学会、日本農学会、日本薬学会の4団体です。
理事および監事は以下の構成となっております。
一般社団法人学術著作権協会2008-2009年度役員
| 役職 | 氏名 | 勤務先・役職・肩書 |
|---|---|---|
| 会長 代表理事 |
齋藤 毅 | 日本大学 名誉教授 |
| 副会長 理事 |
脊山 洋右 | 椙山女学園大学 教授 |
| 常務理事 | 野間 豊 | 千葉大学 名誉教授 |
| 理事 | 柳川 隆之 | 社団法人日本工学会 事務局長 |
| 理事 | 苗村 憲司 | 駒澤大学グローバル・メディア・スタディーズ学部 教授 |
| 理事 | 江藤 一洋 | 日本歯科医学会 会長 東京医科歯科大学 名誉教授 日本歯科大学生命歯学部 客員教授 |
| 理事 | 佐藤田鶴子 | 日本歯科大学生命歯学部口腔外科学講座 教授 日本歯科医学会 常任理事 |
| 理事 | 大熊 幹章 | 財団法人日本住宅・木材技術センター 客員研究員 東京大学 名誉教授 |
| 理事 | 日比 忠明 | 日本農学会 副会長 法政大学生命科学部 教授 |
| 理事 | 平井 功一 | 社団法人日本薬学会 常任理事 |
| 理事 | 田口 武夫 | 東京薬科大学 教授 |
| 理事 | 名和小太郎 | 情報セキュリティ大学院大学 特別研究員 |
| 理事 | 西﨑 統 | 聖路加国際病院 顧問 西崎クリニック 院長 |
| 理事 | 四ツ栁智久 | 愛知学院大学薬学部 教授 |
| 監事 | 鴨井 久一 | 日本歯科大学 名誉教授 |
| 監事 | 松本 宏 | 筑波大学大学院生命環境科学研究科 教授 |
