一般社団法人学術著作権協会（学著協）の施策決定は、理事会、社員総会の議決によってなされております。施策の実行は学協会、出版社等から選出された委員によって構成されている運営専門委員会によってなされております。その実務は、事務局（事務局長）によって運営されております。学著協の著作権管理事業における業務の全ては、理事会、社員総会に報告され、承認を受けると共に、学著協監事、外部監査法人による監査を受けるなど、適正に運用されております。
学著協の著作権等管理事業におけるこれら業務の全ては、著作権等管理事業法の規程に基づき、文化庁へ報告されます。更に、著作権等管理事業の規程に基づく文化庁の著作権等管理事業者実地監査を受けております。
現在社員は、日本工学会、日本歯科医学会、日本農学会、日本薬学会の4団体です。
理事および監事は以下の構成となっております。
一般社団法人学術著作権協会2010 - 2011年度役員
| 役職 | 氏名 | 勤務先・役職・肩書 |
|---|---|---|
| 代表理事 | 齋藤 毅 | 日本大学 名誉教授 |
| 常務理事 | 野間 豊 | 千葉大学 名誉教授 |
| 理事 | 池田 駿介 | 株式会社建設技術研究所池田研究室 室長 東京工業大学 名誉教授 |
| 理事 | 磯貝 彰 | 国立大学法人奈良先端科学技術大学院大学 学長 |
| 理事 | 柬理 十三雄 | 日本歯科大学 名誉教授 |
| 理事 | 北村 聖 | 東京大学医学教育国際協力研究センター 教授 |
| 理事 | 脊山 洋右 | 独立行政法人大学評価・学位授与機構 客員教授 |
| 理事 | 髙木 裕三 | 東京医科歯科大学大学院 教授 |
| 理事 | 多々良 茂 | 社団法人 日本薬学会 事務局長 |
| 理事 | 苗村 憲司 | 情報セキュリティ大学院大学 客員教授 |
| 理事 | 名和 小太郎 | 情報セキュリティ大学院大学 特別研究員 |
| 理事 | 西崎 統 | 西崎クリニック 院長 |
| 理事 | 富岡 清 | 同志社女子大学薬学部 教授 |
| 理事 | 三輪 睿太郎 | 東京農業大学総合研究所 教授 |
| 理事 | 柳川 隆之 | 社団法人 日本工学会 嘱託 |
| 理事 | 四ッ栁 智久 | 愛知学院大学薬学部 教授 |
| 監事 | 海老塚 豊 | 国立医薬品食品衛生研究所 客員研究員 |
| 監事 | 長井 寿 | 独立行政法人 物質・材料研究機構 領域コーディネータ |
